El transporte de los animales dependerá de diferentes factores, los procesos no pueden ser idénticos y deberán adaptarse a las necesidades de cada especie
En el caso de los cerdos es importante no mezclar cerdos de diferentes grupos durante el transporte a la planta de sacrificio, ya que esto afecta negativamente las ganancias de los productores e incrementa los costos fijos para el matadero. La posición social de un animal dentro de un grupo puede afectar los niveles de estrés: se ha demostrado que los cerdos sumisos se estresan más en un periodo de transporte de cuatro horas que los dominantes.
Los cerdos que son tomados de distintos grupos sociales de la misma granja u otra diferente y se mezclan con extraños justo antes del transporte, presentan mayor riesgo de un comportamiento de amenaza o pelea. Sin embargo, los cerdos generalmente no pelean durante el transporte, sino que principalmente establecen dominancia social en el orden que toman lugar en los corrales presacrificio. Los individuos en grupos mezclados luchan con frecuencia para establecer nuevas jerarquías de dominancia, lo que origina laceraciones de la piel, que en ocasiones pueden llegar a ser severas, particularmente en la región del hombro. Estos enfrentamientos tienen consecuencias graves en términos económicos y para el bienestar animal.
El agotamiento del glucógeno asociado con las amenazas, las peleas o las montas que se presentan al desembarque de animales, por lo regular resulta en carne DFD (Dark, Firm, Dry), y los daños como los golpes se asocian a ausencia de bienestar. Las principales razones en el ámbito mundial para castigar las canales porcinas incluyen contusión, enfermedad y carne PSE (Pail, Soft, Exudative). Los daños en las canales se traducen en pérdida de peso y de valor comercial. Otros factores han sido asociados con el comportamiento de los cerdos transportados. Se encontró que los cerdos con poca grasa subcutánea e intermuscular eran más temerosos y exploraban menos un área abierta que los cerdos de línea pesada. Por otro lado, se ha observado que los primeros pelean más después de ser mezclados.
